Nachdem die Ausgänge kalibriert sind, werden die Eingänge kalibriert. Dazu wird die Anzeige des AudioTools von "O" wie Output auf "I" wie Input geschaltet. An die einzelnen Eingänge wird nun ein 1 kHz 0 dB Funkhauspegel aus einem externen Pegeltongenerator angelegt. Hier unterscheiden sich die "große" (8-Kanal) und die "kleine" (2-Kanal) Audiohardware: Die Eingänge der "großen" Hardware werden an der Hardware kalibriert (INPUT TRIM). In der "kleinen" Hardware muss der Mikrofonregler aus dem AudioTool zur Kalibrierung verwendet werden (Softwarekalibrierung).
Zum genauen Ablesen der Pegel im AudioTool kann im PH-Menü auf "Calibrate" umgeschalten werden. Hierdurch wird der Bereich um 0 dB Funkhauspegel über die ganze Skala gespreizt. Man muss es mit der Genauigkeit der Pegelung nicht übertreiben, denn es ist erwiesen, dass Pegelunterschiede von einem halben dB von den allermeisten Testpersonen nicht wahrgenommen werden können. Der Mikrofonregler der "kleinen" Audiohardware muss dazu ein Stück nach oben geschoben werden. Dies ist bedingt durch die verschiedenen Pegel- und Headroom-Normen, die nicht alle mit einer Einstellung gleich eingestellt werden können.
Nachdem Ihr System so kalibriert wurde, haben Sie ein transparentes System erzeugt: Eingangs- und Ausgangspegel sind, soweit nicht mit Effekten manipuliert wurde, identisch.